La denominación de la ciudad de Bogotá en la actualidad es Bogotá D.C. (por distrito capital).

Como verás en la citación siguiente, el D.E. era el nombre oficial que tenía antes y que se convirtió en D.C. (distrito capital) en 1991. Creo que en tu documento pudes precisarlo entre paréntesis: BOGOTA D.C (ex D.E.) o algo así.

"El Distrito Especial de Bogotá o Bogotá D.E. fue un ente jurídico territorial colombiano, creado por el Decreto Legislativo 3640 del 17 de diciembre de 1954, aprobado por el presidente Gustavo Rojas Pinilla, anexando a la ciudad propiamente dicha, los municipios cundinamarqueses de Engativá, Fontibón, Suba, Usme, Usaquén y Bosa, así como parte de la Colonia Agrícola de Sumapaz, conservando parte de su otrora autonomía, hasta que los años siguientes nacieron las alcaldías locales dentro de la parte urbana (algunas de ellas, segregadas de la mayoría de las municipalidades incorporadas), a fin de garantizar cierto orden al territorio distrital.
Con la aprobación de la constitución política de Colombia en 1991, el Distrito Especial se convirtió en Distrito Capital y esta a su vez las alcaldías locales se transforman en localidades.